У меня всегда была с собой загрузочная флешка Hiren's boot cd. Большинства утилит оттуда хватит на любые случаи жизни. Плюс на той же флешке был 1-2 LiveCD антивирусов (Dr.Web, Kaspersky) которые нужно переодически обновлять, на случай отсутствия интернета. Пару раз использовал Microsoft DaRT, но уже не припоминаю конкретных кейсов. Возможно еще что-то, уже не помню.
Если говорить о проверке системы, то тут очень хорошо помогают утилиты из Microsoft Sysinternals.
Вся проверка руками и глазами на уровне чистки автозапуска, поиска подозрительных процессов и файлов в папке профиля пользователя, временных папках и т.д. Если система загажена до неузнаваемости - переустановка с предварительным заскриптованным бекапом.