Я не смогу посоветовать как реализовать классический MVC, но могу рекомендовать воспользоваться примерами готовых приложений для организации собственной структуры.
Например учебное приложение Microscope 
https://github.com/DiscoverMeteor/Microscope
, а так же Telescope 
https://github.com/SachaG/Telescope 
+ посмотреть примеры реализации пакетов на atmosphere.meteor.com
У меня лично сложилась такая структура:
1) Все приложение я разделяю на множество пакетов.
Каждый пакет представляет из себя, либо 
а) Пакет-библиотека.
Какое-либо функционал, самодостаточный и предназначенный для многократного использования в различных приложениях.
Пример - большая часть пакетов с atmosphere.meteor.com
б) пакет-модуль. 
Весь функционал я делю на модулю.
Например: блог, личный кабинет, профиль, админка и тд и тп.
Все они зависимы от одного базового модуля "core" и используют или наследует часть его функционала.
в) основное приложение.
Оно является своеобразным клеем для пакетов.
Подключает необходимые, конфигурирует их и тд.
Если рассматривать приложение с точки зрения mvc, то из моей структуры, необходимо рассказать подробнее о "пакет-модуль".
Такой пакет включает в себя, все что необходимо для его работы: маршруты, коллекции, библиотеки, шаблоны, хелперы и тд.
Пакет сам по себе практически самодостаточен и может лишь тянуть некоторые зависимости из других пакетов.
Таким образом использовать такой пакет можно в разных приложениях без каких либо особых настроек и тд.
Базовая структура  пакета-модуля:
module
 |
  - router (Controller)
    |- contollers
    |_ subscribers
    |- filters
    |- hooks
  _ libs (Model)
    |-collections
    |-methods
    |- helpers
    |-libs
    |- publications
 _ views
    |- templates
    |-helpers
    |-events
    |- etc
При необходимости, могу рассказать подробнее о любом из слоев.