проблемы с распределением доступа (это банально неудобно)
Шурупы
очень неудобно забивать молотком, хотя конечно можно приспособиться :) Вы пытаетесь решить задачу, которая никогда на самбу не вешалась. Раздача прав - это AD, она для этого и придумана. Если уже есть самба, просто подымите DC на ее базе и загоните все машины в домен - вот и будет раздача прав централизованная.
а также с версионированием, так как его нет
разумеется, его нет, потому что в файловых серверах версионности не бывает. Версионность - это свойство хранилищ.
реализовать другими средствами бэкап всей информации
Бэкап разумеется нужно организовывать другими средствами
(файл более 4 Гб не скачать например)
Работать по сети с файлами 4Gb и больше - это самоубийство. Даже бэкапы тягать по сети такого размера - и то уже есть шанс нарваться на битый архив.
Мне кажется Вам в планировании что-то поменять надо.