Попробуй использовать ZXWINUSB - это надстройка над WinsetupFromUSB, которая позволяет автоматизировать добавление нескольких wim-based ОС, которые загружаются из единой папки sources.
Можешь в принципе посмотреть на мою мультизагрузочную флешку для аналогии. Вот
ссылка.
