перенести тяжелые папки из раздела / в раздел с кучей места, а вместо исходных папок вставить симлинк с указание на перемещенный. програмки не отличат перенаправление.
вариант2: поставить ncdu. запустить sudo ncdu -x /
и увидеть что загрязняет системный раздел (классически это будет /var/log %) ).
там же, в проге, можно удалить тяжелые файлы, но только с умом отстрелить ногу под sudo можно очень быстро.