разбросаны по файловой структуре диска.
ядро после самопроверки запускает систему инициализации, для *nix систем это исполняемый файл /sbin/init, подгружает необходимые для работы билиотеки.
после чего init согласно своим настрйокам начинает грузить в память службы (а также билиотеки и прочие ресурсы им необходимые) котрые лежат по своим путям в корневой файловой системе.
для ускорения этой загрузки используется служба ureadhead, кторая считывает в память необходимые файлы, а также множество других ухищрений.
один извариантов такого ускорения в винде это режим Prefetch
еще один извариантов ускорения загрузки использовать гибернацию вместо выключения.