использовать syncthing, канал передачи шифрован по TLS 1.2 или старше.
считай его следующей ступенью развития rsync .
демон, слушает inotify и изменения сразу прокидывает на удаленку.
есть еще resilio, исходный код закрыт, коммерция, но есть бесплатный вариант на 10 раздач (емнип).