Принц Датский

Решение вашей задачи - move_uploaded_file.
Вторым параметром укажите нужное имя (полный путь, с именем). Думаю, как сгенерировать рандомную строку разберетесь/

ionCube и Zend Encoder чуть ли не единственный вариант. Часть кода с другого сервера - рано или поздно эта защита обходится даже для огромных проектов. Один с ярких примеров для меня - это взлом системы игры Assassin's Creed 2, где для обхода подобной системы подняли локальный сервер на Python и подменили IP серверов с помощью hosts-файла.
А самый продвинутый вариант на сегодня - это предоставлять услугу без предоставления собственно исходного кода, то есть, SaaS-решения. Вплоть до того, что вы предоставляете скрипт-клиент бесплатно, но он работает по API, который будет отдавать нужную информацию, и без этого центрального сервера нет смысла в клиенте-обертке. Да, это техническое решение, к тому же требует своего сервера (а то и не одного), так что все зависит от конкретных условий проектов, которые вы хотите лицензировать

Вероятно дело в том что на клиент вы возвращаете PDOStatement а не выборку данных. Поправьте код:

$std->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);

echo json_encode($std);

на:
echo json_encode($std->fetch(PDO::FETCH_ASSOC));

вы как то в check.php не пойми что делаете. делайте в начале файла простую проверку по типу

print ($_POST['name']);
print ($_POST['email']);
print ($_POST['message']);

и смотрите, приходят ли данные с формы или нет.

Сохраняйте не индекс элемента, а ссылку на элемент:

var current = $('.elem.current');

Там у Вас это... немного бы допилить...
Из того, что сразу видно:
- таймаут ответа не укладывается в 200мс практически нигде кроме главной
- дубль главной почему-то красуется без canonical или 301 ред.
- вы постоянно обманываете гугл направляя его по не верному пути из robots.txt -> 5kamer.ru/sitemap-5kamer.xml, тогда как карта лежит 5kamer.ru/sitemap.xml
- отсутствует 301 с WWW и вообще как-то странно себя ведет... Многие продвинутые "бабушки" до сих пор старательно и упорно начинают ввод урла с www. Остальные сразу гуглят.