ionCube и Zend Encoder чуть ли не единственный вариант. Часть кода с другого сервера - рано или поздно эта защита обходится даже для огромных проектов. Один с ярких примеров для меня - это взлом системы игры Assassin's Creed 2, где для обхода подобной системы подняли локальный сервер на Python и подменили IP серверов с помощью hosts-файла.
А самый продвинутый вариант на сегодня - это предоставлять услугу без предоставления собственно исходного кода, то есть, SaaS-решения. Вплоть до того, что вы предоставляете скрипт-клиент бесплатно, но он работает по API, который будет отдавать нужную информацию, и без этого центрального сервера нет смысла в клиенте-обертке. Да, это техническое решение, к тому же требует своего сервера (а то и не одного), так что все зависит от конкретных условий проектов, которые вы хотите лицензировать
