Собственно менять бд и логику нет возможности, то тут делаем две простых вещи
1)Переносим базу на можный сервер с ссд и оптимизируем конфиг по максимуму.
2)Включаем slow queryies log и смотрим какие запросы можно пофиксить индексами, не сломав конечно производительности вставки излишними индексами.
Если что обращайтесь 8) имею богатый опыт оптимизации бд и интернет магазинов.