А зачем при общении двух пользователей, рассылается сообщение всем пользователям сайта? Наверно стоит в первую очередь пересмотреть алгоритмы оповещения, чтобы при общении двух пользователей не рассылались оповещения всем.
По вашим условиям вы рассылаете полную рассылку 25 000 секунд это 6.9 часов, и вы утверждаете что на третьем часу майл начинает вас блокировать? До конца не понятно превышаете ли вы лимит писем на домен или на айпишник смтп сервера, уточните этот вопрос у майла.
Компании гугл, яндекс и прочие ни в коем случае не используют content.mail.ru
Самое простое что приходит в голову, шлите почту с двух разных серверов.