IMHO, материнки достаточно на B85 чипсете, хоть ASUS B85M-G.
Прцессор без К, Core i5-4570 оптимально. 3Д на встроенной есть, даже nexuiz бегает.
HD Graphics 4600 будет на уровне начальных дискретных карт geforce 630-640.
Если мало, то оптимально будет что-то типа Xeon E3-1230 v3 + geforce 650 ti.
SSD на 100-120GB обязателен, на систему хватит 20-40ГБ, остальное под задачи.
+ HDD 2ТБ.
В остальном, уж не помню проблем с поддержкой в linux в настольных системах лет 5-8.