ojiga

хранить sql генерации базы?

использовать гибкую ORM которая позволяет хранить структуру бд в конфигах. типа hibernate для java или doctrine для php

По Hibernate и Spring как это не банально звучит советую официальные доки. да они на английском.

что за индуиский код? откуда мне знать что именно вам не понятно?

во втором примере используется json

может не стоит?
кто сказал, что у фрилансеров беззаботная жизнь. фрилансером быть сложно даже если ты знаешь все вышеперечисленные штуки.

переименвоание это перемещение svn mv

$text = str_replace("\n",'',$text);

пиши двойные ковычки

c.php грузится аяксом или в iframe.

в скрипте settimelimit(0) чтоб убрать временной лимит

если задачу можно разделить «порция» то хорошо. тогда выполнять небольшими порциями тем же аяксом, тогда можно даже показывать идикатор загрузки.