c.php грузится аяксом или в iframe.

в скрипте settimelimit(0) чтоб убрать временной лимит

если задачу можно разделить «порция» то хорошо. тогда выполнять небольшими порциями тем же аяксом, тогда можно даже показывать идикатор загрузки.

хранить sql генерации базы?

использовать гибкую ORM которая позволяет хранить структуру бд в конфигах. типа hibernate для java или doctrine для php

$text = str_replace("\n",'',$text);

пиши двойные ковычки

переименвоание это перемещение svn mv