Бандл миграций можно загрузить в окружении dev, т.к. по-умолчанию консоль запускается именно с этим окружением.
А по остальным. У вас есть реальные проблемы с производительностью из-за того что грузяться все бандлы?
Просто сами по себе бандлы это почти пустые классы и они не должны создавать нагрузки.