Во-первых, прекратите спамить всех подряд, такой подход не очень продуктивен.
Во-вторых, у вас не вопрос. Вопрос - это как правило одна (иди хотя бы одна главная) проблема, которую можно решить одним ответом. Как правило не очень объемным, потому что S из SOLID, как мы знаем, это Single Responsibility Principle. Ваш вопрос его нарушает чуть более чем полностью. Из этого следует, что вам нужно разбить ваш вопрос на множество других. И задавать их желательно по порядку, получая ответы, применяя их в жизни, практикуясь, и только потом переходя далее. Ибо влить в мозг весь этот объем информации за раз можно только в фильме "Матрица", а мы, увы, не там.
Тезисно пройдусь по пунктам, чтобы прояснить ситуацию.
Хочу изучить новые инструменты и вообще понять что есть best practice в мире wp сейчас!
Не существует единой best practice. Есть разные подходы, каждый из них имеет плюсы, минусы и право на жизнь. Все очень сильно зависит от команды, ее размера и опыта, компании и процессов, клиента, проекта, его размера и бюджета и тд. Ну а общие принципы мало отличаются от разработки в целом, будь то Symfony, Laravel, Ruby on Rails и тд.
Я нашел много интересного, но пока не понимаю как это всё собрать воедино, что зачем нужно, много непонимания
Это нормально. Почему - перечитайте абзац про Single Responsibility Principle выше.
1. среду разработки использую PhpStorm, по университетской лицензии.
Несущественно. PhpStorm отличная IDE, пожалуй лучшая для разработки на PHP в целом, WP или нет - не важно (сам использую именно ее). Но далеко не все могут использовать ее бесплатно по университетской лицензии, многие покупать не хотят, многим не нравится производительность. Стандарт ли это? Для кого как.
2. для версий кода использую Git, храню локально и на Gitlab.
Git - это наиболее популярная VCS на данный момент. Само использование системы контроля версий является стандартом, во всем мире разработки.
3. при разработке пушу через SSH сразу на shared хостинг, а не на локальный сервер (никогда локальным не пользовался, а надо? каким?)
Использование локального сервера - стандарт. Обязательно, не обсуждается. Пушить на shared - плохая практика (и пушить на прод, и shared). Изучаем про локальные сервера, Continuous Integration и Continuous Delivery. Впрочем, для WP важно понимать, что бОльшая часть проектов будет простая и небольшая, со скромным бюджетом, а там вся эта кухня может быть лишней (смотрим абзац про зависимость best practices от проекта и тд). Поэтому обычного простого деплоя по мерджу в мастер хватит. Гугл в помощь.
4. работаю под Linux, знаком с консолью, bash, но не понимаю как использовать wp-cli, в чем он удобен?
WP-CLI это инструмент. Использовать его - хорошо. Чем удобен / полезен поймете когда разберетесь с деплоями, автоматизацией и тд. Но не поймете если не начнете заставлять себя с ним работать.
5. присматриваюсь к Roots и Bedrock, но не понимаю как к ним подступиться, нужно объяснение что и зачем делать, какие-то инструкции..
Рано. Очень рано вам к ним присматриваться.
6. хочу начать использовать composer
Начинайте. Гуглите, материалы на эту тему есть. Будут конкретные вопросы - задавайте, будем отвечать.
7. хочу начать писать тесты, PHPUnit?
Если бы спрашивали за Laravel, то да. Но по WP - забудьте. Думать про тесты в WP вам рано и не нужно. Голову сломаете. Да и проекты, где это понадобится вам пока не светят.
Сейчас как-то грустно, что wp любят поносить за его "легкий вход", "говнокод", "это не программирование" и т.д.
Это не только сейчас и не только про WP. Добро пожаловать в прекрасный мир разработки, где каждый второй с радостью обосрёт инструмент, о котором мало что знает или потому что ему лично он не подходит / не нравится. Вырабатывайте свое личное мнение. WP сам по себе лишь инструмент. Хороший или плохой - не важно. Он решает определенные задачи, и делает это лучше / быстрее / дешевле / проще других.
Как всё это собрать вместе?
Постепенно. Шаг за шагом. Слона нужно есть по частям, иначе подавитесь.
Прошу подробных ответов, по возможности со ссылками и/или инструкциями.
Это придется накатать книгу, и не одну.
Хочу учиться.
Достойное желание. Учитесь, никто не мешает. Гугл, кодекс, кама и другие ресурсы в помощь.
Бонус: запомните одну простую истину - вы не сможете что-то изучить или освоить, если не начнете с ним работать. Только на реальной практике можно понять и осознать. Можно прочитать 10 лучших книг про ООП (для примера), но пока вы не напишете, выбросите, перепишете несколько раз свой код на ООП, вы его не поймете.