Как один из возможных вариантов, если я правильно понял Вашу задачу:
Делаем контейнер, в котором есть две части — заголовок и содержимое. Заголовок, в свою очередь разделен на две части (по количеству используемых паролей) Каждый пароль используется для шифрования своей части в заголовке. При дешифрации программа первым делом пытается дешифровать заголовок, получив успех для какой-то из частей, программа дешифрует соответствующую часть содержимого.
Фактически, это очень упрощенный аналог файловой системы. Можно еще заморочиться, и шифровать текст не паролем пользователя, а каким-то случайным длинным паролем, который записан в заголовок. В этом случае, можно будет хранить заголовок отдельно от текста и пользователь, даже если его будут настойчиво спрашивать пароль, ничем не сможет помочь.