Не совсем понял как Вы делали, но просто запустить ВМ можно так:
Создать файл
nano /etc/init.d/vm_start.sh
Со следующим содержимым:
#! /bin/sh
### BEGIN INIT INFO
# Provides: skeleton
# Required-Start: $remote_fs $syslog
# Required-Stop: $remote_fs $syslog
# Default-Start: 2 3 4 5
# Default-Stop: 0 1 6
# Short-Description: Example initscript
# Description: This file should be used to construct scripts to be
# placed in /etc/init.d.
### END INIT INFO
vboxmanage startvm 1C
vboxmanage startvm Win7ENG
Затем сделать скрипт исполняемым и добавить в автостарт:
chmod +x /etc/init.d/vm_start.sh
update-rc.d vm_start.sh defaults
После рестарта машины запустятся две указанные виртуалки.