Назар Мокринский

В ubuntu/debian для установки приложений, которые есть в стандартных репозиториях используют apt-get:
sudo apt-get install blender
Некоторый софт, которого там нет может находиться в сторонних репозиториях, которые можно добавить себе (но нужно хорошенько подумать перед тем, как добавлять; нужно доверять источнику), запустить:
sudo apt-get update
Для того, чтобы обновить информацию об известных приложениях и их версиях, потом поставить как указано выше.

Ещё есть приложения, которые поставляются в виде *.deb пакетов, то есть самих файлов без репозитория. Их можно установить через dpkg (от Debian package):
sudo dpkg -i file.deb
На самый худой конец предлагают скачать архив с исходниками, и собрать самому. Тут одной командой не получится, так как часто нужны девелоперские пакеты ставить, учитывать кучу зависимостей и прочее.

Самый удобный вариант - репозиторий. Просто, понятно, обновляется централизовано.

PhpStorm (из того же семейства что и ваши приложения) вообще установки как таковой не требует. Я его распаковал в ~/PhpStorm, потом открыл выполнив:
sh ~/PhpStorm/bin/phpstorm.sh
Далее меню: Tools > Create Desktop Entry...
И в приложениях появляется ярлык для запуска, который можно прикрепить на панели.
При обновлении просто меняю содержимое ~/PhpStorm

1) Шрифты стандартные семейства Ubuntu вполне ОК, общепринятые тоже есть в стандартной поставке, а что виндовые будут красиво сглаживаться и отображаться 100% гарантии нет, так как рендеринг шрифтов совсем другой
2) Включите сглаживание в Unity Tweak Tool по максимуму - это не то кривое поделие, что в Windows, сглаживание и правда работает прекрасно и читать становится приятнее
3) В настройках vk есть опция увеличения шрифтов, если все элементы интерфейса системы мелкие - в 14.04 если адекватная поддержка дисплеев высокого разрешения - в настройках рабочего стола можете покрутить масштаб в большую сторону.

Какая конкретно видеокарта?
Если новая HD3xxx/4xxx то всё должно быть хорошо, если другая - то укажите точнее какая именно.

Зайдите в ~/.local/share/applications
Откройте любую программу в любимом текстовом редакторе по шаблону впишите свое название, и вставьте команду, которую писали в терминале.
GUI вариант - воспользоваться alacarte - там то же самое делается в графическом режиме, ещё и иконку можно удобно выбрать.

Полученный ярлык на выполнение будет отображаться в списке всех программ, можете его закрепить на панели для быстрого вызова, можете создать второй ярлык на подключение обратно.

В основному программы создают одноименные бинарники в /usr/bin либо исполняемые скрипты в /usr/sbin
Эти программы можно запускать по имени без указания полного пути к файлу.

Ещё можно нажать два раза Tab для автодополнения команды, либо если не написать ничего до этого то получите список всех доступных приложений.

Запустите в консоли startx.
Посмотрите что появится в /var/log/Xorg.0.log, что выведет команда dmesg.

1) Восстановить загрузчик Windows (он был на разделе который вы удалили, теперь можете поставить его на тот же раздел, где и Windows)
2) Восстановить GRUB

Если не хотите проприетарные драйвера - значит гибридной графики не получите.
Если всё же решитесь попробовать - рекомендую ppa xorg-edgers
Ещё могу посоветовать ppa oibaf, там тоже более новые графические компоненты, которые как минимум ускорят графику, а как максимум могут исправить баги.
Я бы начал с добавления этих двух репозиториев, и обновления. Новая графическая подсистема должна работать лучше (у меня на HD4600 работает хорошо, правда гибридная графика Nvidia, и тут всё немного иначе).

UPD: Вы хотите выключить? Зачем? Дискретная карта и так мо умолчанию выключена. Если нет - в BIOS должна быть для этого опция, но скорее две карты работают через один выход и дискретная по умолчанию отключена.

Как на счёт просто обновить Mint до последней версии, а потом поменять репы на чистые Ubuntu соответствующей версии, обновить до 14.04 и поставить Unity?
Это не Windows, dconf/gconf засоряются гораздо меньше, и тормоза вполне устраняются.
Получите ту же систему, но с оболочкой Unity и более новую.

На самом деле xbindkeys обычно используют вместе с xdotool, не знаю только ли работают они в терминале.

Optimus предназначен для того, чтобы по максимуму использовать интегрированную графику. Возможных решений вижу два:
1) Купить ещё дешевой памяти (предпочтительно)
2) Поставить bumblebee (как нормальное, стабильное, рабочее решение что не требует перезагрузки иксов), и попробовать модифицировать скрипты запуска иксов таким образом, чтобы они запускались из под bumblebee. Дистретку не выключить никак, картинка всё равно проходит сквозь интегрированную карту.
3) Если вы тяжелые в плане графики приложения используете иногда- поставить bumblebee, и запускать через него только те приложения, которые нужно (это при условии, что в обычном режиме 64 МБ видеопамяти вам будет достаточно).

Начнём с того, зачем вам его переустанавливать?
На новый сервер перенести?

Что за ноутбук, процессор, какая графика?
Вообще ядро новое можно собрать, это правда не сложно, либо подключить специальный репозиторий разработчиков ядра Ubuntu.
У меня мощный ноутбук, можно сказать топовый. 3 часа можно смотреть фильмы, в интернете до 3,5 часа держит. Сколько в Windows не знаю, но если такой аппарат как у меня живет 3 часа - я считаю это ОК.
Процессор Intel Haswell, в последних ядрах 3.14/3.15 есть улучшения в P-State, а это влияет напрямую как на производительность так и на время работы (позитивно). Ещё хорошие изменения будут в 3.16, но цикл разработки ядра ещё не начался.
Посмотрите, не грузит ли что-то ядра постоянно. Если что-то упорно грузит - можно подрезать с помощью cpulimit (делаю такое для dropbox, меньше ноут шумит).

Почитайте что пишется в выводе dmesg. Посмотрите что не так в /var/log/Xorg.0.log
Попробуйте что-то такое:

sudo apt-get remove --purge unity* compiz xorg* xserver-xorg*

Это удалит Unity и графику как таковую.

sudo apt-get autoremove
Это почистит оставшиеся зависимости.

sudo apt-get install ubuntu-desktop
Это поставит обратно всё, что нужно стандартной поставке Ubuntu. С удалением всего что в процессе указанных команд показывается соглашайтесь.