Попробуйте libreoffice, у него вроде лучше поддержка.
А так - чего вы хотите, проприетарные форматы они такие.
Можно, конечно, и Windows сервер поднять и конвертировать через MSO, или ещё как-нибудь его поднять, но это уже зависит от задачи.
Так же в целях отладки я бы посмотрел на каком этапе происходит сбой, конвертируя сначала в odt, родной формат для OO. Если в odt та же проблема - он не может правильно прочитать формат, если ОК - проблема в pdf. По сути всё это можно проверить в графическом режиме с OpenOffice и LibreOffice поставив их себе на машину или в виртуалку.