Max Rudik

на весьма начальном уровне - это мамп,
продвинутый уровень это xampp или уже маковский апач самому настраивать.

Кнопка "Рассчитать" отправляет форму. Можно написать так:
<form id = "calculator" onsubmit="return false;">
Тогда форма не будет отправляться

https://api.jquery.com/event.preventdefault/

<h2 class = "anima">Найди правильный ответ</h2>//заголовок
 <li><a class = "anima" href="index.html">1</a></li>// пагинация
  <li><a class = "anima" href="plus1.html">2</a></li>
  <li><a class = "anima" href="plus2.html">3</a></li>

$('.anima').click(function(e){
    e.preventDefault();
    $('.animation-left').animate({opacity:0},300).animate({opacity:1},300);
});

https://jsfiddle.net/frw7bst5/

Попробуйте использовать стандартный sans-serif (Helvetica / Arial) вместо KelsonSans. Проблема исчезнет.

Как вариант, засунуть каждую цифру в span и для span поставить display: inline-block; width: ...px. (подставьте сами)

Для начала, правильный HTML:
<input type="text" id="timer" value="25">
JavaScript:

var timer = document.getElementById("timer"),
    minuteWork = timer.value;

function asc() {
    timer.value = (parseInt(minuteWork) + 1);
}

Должно сработать, думаю ошибка тут в = и += в одной строке. Результат может быть непредсказуемый.

counts[arr1[i]] = (counts[arr1[i]] || 0) + 1;
// если свойство count[arr1[i]] уже есть в объекте arr1
// то мы получаем значение свойства (число) и увеличиваем на 1

// если свойства count[arr1[i]] нет в объекте,
// то оно создается и записывается значение этого свойства 1

// При первой итерации при i=0 у вас создается свойство в объекте arr1['andesite']
// и ему присваивается 1
arr1['andesite'] = ( arr1['andesite'] || 0 ) + 1; // => arr1['andesite'] = 0 + 1; 

// и так с каждым новым свойством
// далее это свойство при необходимости просто увеличивает свое значение

Гм... Функцию можно записать в переменную, во все что угодно. Представьте себе пример:

function a(name) {
    alert(name);
}
a("Vanya");

Вот и смотрите - строка еще не создалась, но она в функции уже используется! То же самое с callback:

function a(name, callback) {
    alert(name);
    callback(name);
}
a("Vanya", function(name) { console.log(name); });

Вот смотрите - здесь почти тоже самое. Возможно, вас смущает вызов функции callback? Тогда вот ответ - все в js представляется переменными и свойствами, даже функции. Таким образом вызывается функция, находящаяся в переменной callback! А callback - переменная, которая содержит анонимную функцию.

Также, как уже заметил Yaroslav Lyzlov, можно передавать не только анонимную функцию.

У функций есть параметры

function fn (a, b, c) { alert(a, b, c) }

Когда вы вызываете callback функцию, это тоже самое, что вызвать fn с параметрами вот так
fn(1,2,3)

Ваш случай

function fn (a, b, c) { alert(a, b, c) }

function foo (callback) { 
   var a = 1, b = 2, c = 3
   callback(1, 2, 3) // равносильно fn (1, 2, 3)
}

foo(fn)

Необязательно передавать анонимную функцию, любую функцию.

Резюме: Вам с функциям бы сначала разобраться.
Почитайте вот это, например: https://learn.javascript.ru/function-basics