У них немного разное предназначение, HandleBars - используется на стороне клиента, Smart - на стороне сервера. Так что их использование вполне можно совмещать.
Самый лучший вариант деплоить из Continuous Integration сервера. Но, за неимением такового, чаще всего деплоят из VCS, основная проблема безопасности это хранение конфигов и ключей в VCS.