Деплой через VCS проще, особенно если проект открытый и можно пользоваться публичными VCS-серверами вроде гитхаба. Для простых проектов это самое оно, но если необходимо что-то посложнее то приходится собирать проект отдельно.
Касательно рельс при использовании VCS деплоя сталкивался со следующими проблемами:
1) в VCS может хранится куча информации (тесты, тестовые данные, документация, файлы для разных платформ и т.д.) которая для конкретной инсталляции не нужна и замедляет установку.
2) сборка ассетов (coffescript, sass) происходит на удаленной машине и опять замедляет установку.