mureevms

Упс...raid5...полусофтовый рейд...стор для виртуалок...Hyper-V или KVM? VMWare такого сотворить просто не даст :)

Вы, уважаемый, сделали все, чтобы у Вас сервер работал как можно хуже и как можно неустойчивей. Удавите жабу, купите бу адаптек. 6 - 7 тыс руб и все Ваши проблемы решены.
И имейте в виду, что к RAID5 обязательно нужен хотспарник - чтобы в случае отказа диска система тут же хватала хотспарник и начинала восстановление. Потому что восстановление массива может идти несколько суток, и отказ в это время еще одного диска - это все, се[p]верная пушная лисица массиву...

NAT работает на software уровне, а карточка на hardware. Она не может не поддерживать/поддерживать его.

find Pictures/  -type f -exec md5sum '{}' ';' \
| sort | uniq --all-repeated=separate -w 15 > dupes.txt

fdupes

FSlint

jdupes (предложил Эдуард Тибет в коментах)

Без изменения кода сайта не получится.
Можно, например, кешировать страницы, а изменяемые блоки грузить с помощью JS. Это, конечно, потребует изменения сайта, и может быть не так и эффективно, т.к. запросов будет не мало, хоть каждый и будет легче чем запрос страницы, если правильно реализовать.

Но лучше кешировать там, где можно кеш правильно инвалидировать, не тупо по ttl, т.е. на уровне приложения. Решений для кеширования разной степени навороченности для WP масса. Надо правильно выбрать и правильно настроить...

Можно выставить заголовок "Mime-Type" для файла на уровне S3 во что-то такое, что браузер не открывает по умолчанию.

Видимо не Вы его ставили...

Английским по белому написано, что squid не может открыть порт, прописанный в конфиге. Почему - а фиг его знает. Например, при конвертации машины в новой конфигурации отсутствует сетевуха :)