Понятно что можно просто запустить еще один сервер на другом порту но мне кажется что должно быть более умное решение.
pwd и cd, чем отличается просто cd от cd ~. И почитайте, что такое домашний каталог, чем они отличаются для рута и не рута, где находятся и как называются. Так же, что такое относительные и абсолютные пути. root@server:/home/openvpn-ca/openvpn-cacd ~/openvpn-ca вы переходите в каталог /root/openvpn-ca. Но вам надо в /home/openvpn-ca/openvpn-ca. Т.е. просто не надо выполнять эту команду. Тут facepalm.jpg 