Для запуска контейнеров не надо трогать демон Докера. Дело в том, что сам докер не знает что вам надо поднимать после ребута, а что нет и надо ему просто указать на это. К тому же, одни контейнеры нужно поднимать, а другие нет. Поэтому нет смысла поднимать все, надо просто при запуске указать дополнительный флаг для контейнеров, которые должны быть подняты. Например, контейнер запускается такой командой:
docker run my-container
Для перезапуска добавьте --restart={{ флаг для поведения }}, например:
docker run --restart=always my-container
Подробнее о вариантах перезапуска в
документации