с одной стороны SEO-ник не прав, так как.. ну это очень глупое утверждение
С другой стороны не правы вы были ровно тогда, когда решили потехи ради (удовлетворить свое желание саморазвития) написать вообще все с нуля. Ладно там CMS, но шаблонизатор свой написать в рамках коммерческого проекта - это уже черезчур. Эксперементируйте на здоровье но не в рамках проектов за деньги. Это могут себе позволить только люди которые пару лет проработали с существующими системами и эти самые существующие системы им уже жмут и мешают для выполнения каких-то задач.
То есть притензия SEO-ника возможно была связана с тем что:
- нет сайтмэпа и нет средств для генерации, а так как это не вордпресс просто поставить плагин не выйдет
- возможно нет возможности задавать всю эту SEO лабуду вроде метаинформации и т.д.
- все в таком духе. Любое "допиливание" клиенту теперь обойдется в солидную сумму.
Мораль: эксперементы в свободное время, набирайтесь опыта. Старайтесь использовать готовые решения. Помимо wordpress есть масса небольших и удобных CMS с базовыми штуками которые нужны SEOникам и удобны в допиливании программистами.