Привет.
Идем в Preferences -> Browse Packages -> ищем папку sublime-text -> Installed packages -> ищем нужную тему, например Theme - Monarch.sublime-package -> заходим туда и ищем файл: название_темы.tmTheme -> открываем в текстовом редакторе, видим, например, настройку Number и меняем цвет в соответственной строке:
![d6eedec75d1c4ea89a7f129526ed5c9f.png](https://habrastorage.org/files/d6e/ede/c75/d6eedec75d1c4ea89a7f129526ed5c9f.png)
Сохраняем, перезапускаем Sublime и пользуемся на радость.