Привет.
Идем в Preferences -> Browse Packages -> ищем папку sublime-text -> Installed packages -> ищем нужную тему, например Theme - Monarch.sublime-package -> заходим туда и ищем файл: название_темы.tmTheme -> открываем в текстовом редакторе, видим, например, настройку Number и меняем цвет в соответственной строке:
Сохраняем, перезапускаем Sublime и пользуемся на радость.