Первое, на что стоит думать - это "Имеет ли гуглобот доступ к сайту?". Бывает так, что с файерволлами и антиботами люди намудрят - и всех делов. Можно логи посмотреть - обращения к файлу подтверждения, например.
Бывает, просто Search Console опять глючит, надо просто проверку через денёк-другой повторить.
Так, чтоб пачкой сайты отваливались - не сталкивался. Но бывает.
