Возможность получить миграцию есть, напирмер, в dbForge.
Разворачиваете у себя новую структуру базы, затем через меню «Сравнение -> Новое сравнение схем...» сравниваете ее со старой и получаете все имеющиеся различия в структурах. Выделяете элементы, которые нужно обновить, кликаете правой кнопкой по ним и выбираете «Показать скрипт обновления схемы». В итоге получите все необходимые ALTER'ы и CREATE'ы. Но всё равно будьте аккуратнее, возможно что-то и придется обновлять в ручную.