Без Order и Limit вероятнее всего не будет использоваться temprorary, что создает временную таблицу НА ДИСКЕ. Таким образом, нужно либо убрать SQL_NO_CACHE, чтобы воспользоваться нормальным механизмом, либо исключить создание файлов, убрав order и limit, либо поместить /tmp на SSD.