Вадим Тимошенко, гораздо важнее вопрос - как давно у вас лазейки? чистый ли бекап? даже если в бекапе нет майнера, это не гарантирует что в нем нет "стороннего агента". а в этом случае либо майнер, либо еще какая то напасть, появятся быстро..
если еще пофилософствовать... - нет гарантии что хостер не скомпрометирован тотально (а многие хостеры любят иметь полный доступ к клиентским машинам)
и еще пару копеек - дырой может быть длительное отсутствие апдейтов безопасности
там что то типа 5 папок и 2-3 файла на контроль... но к примеру, самая объемная опять же, папочка cache2 - если в общей папке, значит весь кеш лъется в "общак"