Вы поменяли часть файла - на диск в любое свободное место будут записаны кластеры которые изменились. В базе данных файловой системы изменятся координаты расположения файла.слово кластер, вы так же бодро употребляете... а потом оно вас смущает?!..
Не совсем понятно что такое неполный начальный кластер.
В большинстве известных систем без разницы - хоть с начала, хоть с конца удаляйте, никто файл полностью перезаписывать не будет.... кхм... и на что же у нас делиться файл?