На самом деле нужно следить за плагинами, использовать только провереные, без дыр. Опять же не использовать бесплатные шаблоны, скачанные на не пойми каких ресурсах. Доступы хранить в безопасном месте. Права на файлы должны быть выставлены верные.
Можно воспользоваться вот этой библиотекой для проверки:
revisium.com/ai
Вполне может быть, что у вас гавнохостер и зараза передается от вашего соседа по серверу, у меня такое тоже бывало. Вообще советую использовать vps
