Каша какая-то у вас...
Давайте с конца начнем. Кэш тут точно не причем. Почему объяснять видимо долго, просто поверьте.
Домен третьего уровня тоже, как и соседний сайта.
Про переменную $_ENV забудьте, причем вообще она здесь? А если у вас проблемы с переменными, причем тут битрикс? Настройте свой сервер.
Теперь непосредственно по проблеме.
Что конкретно возвращает вам именно такая строка:
global $USER; echo $USER->Register("userName", "", "", "123456", "123456", "user@mysite.ru");
Вот конкретно такая, прямо отсюда скопируйте. Если она выдает такую же ошибку - ищем проблему в API. Если нет то битрикс уже вообще не причем и нужно разбираться что у вас прилетает в вызов метода вместо email.