jQuery был хорош, но ничто не стоит на месте. Раньше фронтенд никто особо не воспринимал всерьез. Все считали, что фронтенд - это несколько скриптов, которые принципиально погоды не делают. Все изменилось с ростом популярность SPA, в т.ч. и благодаря бурному развитию JS.
В любом приложении очень важно прозрачно и понятно управлять состоянием, очень желательно делать это централизованно. Былой подход с участием jQuery делает это невозможным. Кто угодно может менять что угодно на странице, когда угодно, и приложение об этом ничего не знает без очень хитровыдуманных методов. Например в первом ангуляре для этого постоянно бегал по элементам и проверял что там изменилось, это называется "грязные проверки" (dirty checking). Мягко говоря это ни разу не оптимальный способ контроля состояния, но, на тот момент, вариантов особо не было.
В последние годы фронтенд повзрослел, заматерел, и сегодня мало чем отличается от любой другой серьезной разработки. Во фронтенд потянулись сильные разработчики и делают большие и сложные приложения.
В каких-то простых страничках с парой-тройкой функций jQuery даже сегодня может быть актуален, особенно если приложить усилия и делать грамотно.
Но что-то чуть более сложное уже требует совершенно иного подхода.