Игорь

gaierror: [Errno -5] No address associated with hostname

А server_name storage.domain.ru точно резолвится в какой-то ip-адрес? Не забыли его прописать хотя бы в /etc/hosts той машины откуда пробуете залить файлы?

Это не фтп, это ssh. Естественно скорость будет ниже, так как идет шифрование трафика + у вас еще трафик натится.
Решения:
1. Использовать менее ресурсоемкий алгоритм шифрования, например arcfour;
2. Не использовать nat а повесить на виртуалку белый ip и ходить напрямую;
3. Отказаться от ssh в пользу чего-то более быстрого, например rsync (не знаю, поднимается ли он как демон на винде).

Это означает что в подключенных репозиториях нет пакетов, которые указаны в зависимостях к пакету libboost-all-dev.
Соответственно надо или подключить репозитории, где данные пакеты есть, либо откуда-то еще их приносить руками и ставить по очереди.

Для установки обычно достаточно первого диска. Можно использовать также cd и cd-minimal образы, чтобы не качать лишнего.
В наборе DVD обычно идет большая пакетная база для установки в местах, где есть проблемы с доступом в интернет.

Так может по крону у вас дергается какой-то тяжелый запрос? Или какой-то сервис приходит к Вам с определенной периодичностью и дергает этот тяжелый запрос?
Вы в логи апача смотрели во время проблемы? Что он выполняет?

Надо смотреть, что он не смог сделать в post-installation script. Пробовать запускать руками, смотреть на чем отваливается.
Cам скрипт по названию пакета можно найти в каталоге: /var/lib/dpkg/info.

Если не предполагаете использовать новый функционал, то обновляться на новую мажорную версию нет смысла.
А вот обновить до новой минорной версии почему бы и нет, отвалиться ничего не должно, а секьюрити фиксы приехать должны.

1. Вам необходимо установить причину. Для этого надо заглянуть в логи апача и понять какая страница\сайт больше всего потребляет.
2. Настроить количество fork\thread в зависимости от того что за модуль у Вас установлен в апаче. Пример:
www.salex.ru/book/book.php?httpd_prefork
3. Если сайты на php, то отрегулировать переменную memory_limit. Описание:
php.net/manual/ru/ini.core.php#ini.memory-limit

lsof натравите на этот каталог, чтобы быть уверенным что ее действительно никто не держит.

Если из внутренней сети подключаетесь, а из внешней проблема. Значит проблема в пробросе или в разрешениях на шлюзе через который подключаетесь.
Рекомендую задать диапазон пассивных портов и пробросить его на шлюзе до сервера.

К каждой виртуальной машине настройте доступ по vnc.
На каждой консоле сервера откройте подключение по vnc до нужной виртуалки.

В целом же, странная потребность, особенно, если сервер не установлен рядом с Вами с подключенным монитором и остальной переферией.

Рекомендовал бы на рабочей машине просто настроить подключение к libvirt-у сервера через virt-manager или любую другую графическую утилиту управления виртуальными машинами. На мой взгляд это будет значительно удобнее.

Покажите вывод команд:

netstat -ntpua | grep 2222
iptables-save
cat /etc/hosts.allow
cat /etc/hosts.deny

readonly = yes
writable = yes

Вас тут ничего не смущает?
Проверьте свой конфиг командойtestparm

Попробуйте сделать такой конфиг:

[global]
	workgroup = MYGROUP
	server string = Samba Server Version %v
	
	log file = /var/log/samba/log.%m
	max log size = 50
	
	security = user
	passdb backend = tdbsam
	map to guest = Bad User
	
	load printers = yes
	cups options = raw
	
[share]
	comment = Public Stuff
	path = /media/ftp-data/MediaContent
	public = yes
	writable = yes
	printable = no
	guest ok = yes

Возможно вот это Вам поможет:
superuser.com/questions/429776/simple-mdadm-raid-1...