xhr.setRequestHeader('Content-Type', 'application/x-www-form-urlencoded');
const formData = new FormData();
formData.append('file', file);
xhr.send(formData);
например, если бекэнд на php, наверное, в index.php где-то детектится $_SERVER['HTTP_X_REQUESTED_WITH'] )?
nginx -V
nginx -T