Сайт ищет путь к сss, начиная от корня сайта, и всякие ../../../ игнорируются, если они выходят за пределы site.ru, потому что там по мнению браузера ничего нет, пустота, небытие и бездна.
Нужно указать веб-серверу, где искать файлы.
Например, для Apache в httpd.conf сделать что-то вроде Alias /bootstrap "/src/vendor/bootstrap"
В html путь прописать как
css (а так же изображения, js и прочие ресурсы) не могут быть загружены из папок, недоступных из веб. Соответственно папка css должна лежать в папке public, и тогда соответственно путь будет /css/style.css