Все координаты зависят от настроек холста и сетки. Если мы в настройках холста укажем размер в миллиметрах/сантиметрах, координаты будут все равно в пикселях (потому что сетка по умолчанию в пикселях). Посмотрите, что верхний левый край документа не совпадает с сеткой:
 
Изменим размер документа на пиксели и увидим, что там дробное число:
 
А теперь уберем дробь из размера документа и получим красоту:
