Как администратор - могу дать только такой совет. Или работайте по установленным правилам, или не работайте там совсем. Если вы будете обходить систему - тем самым вы привлечете к себе внимание, и если возникнут какие то вопросы и проблемы - вы будете одним из первых подозреваемых. Если вы все шифруете - аналогично. На работе - работать.
проверяем крон, at, остальные процессы
Полная переустановка желательна, но в принципе вычистить можно.
rpm -Va
делали? если нет - сделайте. если есть модифицированные не конфиг файлы, а бинарники или библиотеки - yum reinstall пакета