На счёт противоречивости не знаю, но для своей админки я так и делал, грубо говоря одно приложение "админка", но вьюхи в подпапке, потому что их довольно много. А в корневой вьюхе импортирую их
А вообще, если проект позволяет, то больше разбивайте на разные приложения