Обычно делается единственная точка входа index.php Все запросы на сайте обрабатываются через этот файл. Таким образом одно включение startup.php в index.php или другом файле, включаемом в index.php, будет действовать на все остальные файлы вашего проекта. Но это работает только при условии правильной архитектуры. Если же у вас проект образца 2000-х готов, когда каждая страница обрабатывается отдельным файлом, то вам ничего не останется кроме того как startup.php включать в каждый файл инклудом отдельно.