Если вы собрали 5.5 из сорцов, то вы точно также можете включить при сборке fpm. Пакет php5-fpm это не какая-то специальная утилита, а просто php5 собраный с опцией fpm.
Нормальных способов именно ограничить толком нет, разве что cpulimit. Но он будет делать ровно то же самое, что и usleep, просто не будет давать процессор скрипту сверх меры.