попробуйте подключать нужный модуль php в httpd-
vhosts.conf, непосредственно в разделах вирт хостов.
не забудте закоментить подключение в основном конфиге.
У меня сделано так:
виртуальные хосты апача настроены на порт 8080
nginx используется как прокси, весит на 80-м порту нужные днс направляет на php-cgi определенных версий, все остальное направляет на 8080-й порт, соответственно попадая на апач. Если нужны подробности(конфиги) пишите.
Появилась необходимость держать php 5.3 и 5.4 на одном выделенном сервере. Apache и Nginx настроены аналогично Вашему. Напишите пожалуйста подробности и конфиги кто проделывал подобное или знает как сделать. Спасибо.