lega

Ловить конкретную ошибку имеет смысл если вы её ожидаете и знаете как её обработать. Иначе пусть она валится до самого верхнего catch, там логируется и шлет вам mail/сообщение в чат.
Далее вы уже решаете что с ней сделать - либо исправить ошибку, либо это будет ожидаемое исключение и вы для её добавите catch с обработчиком.

Попробуйте выбрать не весь документ:

db.conversations.find({users: "9163099"}, {_id: 1})
или
db.conversations.find({users: "9163099"}, {users: 1})

Что free -m выдает?

Есть предположение что чтение с HDD работает очень медленно и решением будет установка SSD, но нужно явное подтверждение этого.

Я бы на вашем месте купил бы VPS в DO на пол часа, и проверил бы, - стоит копейки (5-30 руб) и дело минутное* (может проблема не только в HDD), если это hetzner то все понятно.

Сделал за 20 сек https://jsfiddle.net/lega911/2tk61x3r/

https://jsfiddle.net/lega911/0tg4ggge/

на клиентской части надо сделать редирект (напр. location.href = '...' )

https://jsfiddle.net/r68b8f3e/

htop показывает что он сьел 15ГБ

По htop вы не определите сколько он съел. Можно вычислить из /proc//memory...
Скорее файлы закешировались - используется неиспользуемая память, это норм.
Что free -m показывает?

git co HEAD~1

Если актуальная дата - текущий день, то можно в таблице хранить только активные, и перекладывать данные по шедуллеру.

Leveldb

Статический генератор, текст в git, комменты от дискуса.

> Есть ли варианты какой то оптимизации

Есть, используйте индексы (правильно).
Делайте оптимальную структуру документов.

https://jsfiddle.net/f5esm50j/

Яндекс Диск, если купить 100Гб на год то выйдет 0,67 руб за Гб/мес (или 0,17руб если брать 1Тб), + там автобекап.
Гугл фото - бесплатно и безлимитно (лимит на качество фото).

Если прямой отдачи нет, то можно через апи.

Когда не хватает сервера, подключают ещё один, шардинг, кластеризация.
В теории монга не должна загнуться, просто будет тормозить т.к. индексы что не влезли в память будут лежать на диске.

Если компонент не завязан ни на какой сервис данных, то коммуникацию можно сделать через проперти из родительского компонента (приложения/контроллера).

Если транзакции не нужны, то монга самое то. Со скоростью там все норм. У меня за 6 лет от балды не разу не падала.