если myisam то перкона не перкона, без лока никак не получиться, правильнее бекап снимать с реплики, таки образом мы никак не нагружаем нашего мастера и не прерываем его работу
лично у меня были большие проблемы с роутером asus 520gu ( pptp beeline ), проц выжирал в конец, и не выдавал больше 6-7 Mbit/s, к сожалению pptp очень требователен к процессору, вы точно не втыкаетесь в ресурсы самой железки?