Репозитории не должны никак быть привязаны к вашим проектам. В прод окружение, вы просто пуллите (pull) из этого центрального репозитория из ветки Прод, в тест окружение вы пуллите из этого же репозитория, но из ветки Тест.
1. А в рамках PHPStorm всю ту работу с ветками можно делать? Не из встроенной консоли, понятное дело - это можно откуда угодно делать :)
Возможно, именно сама переменная содержит другое значение и посылает через какие-то ссылки туда, надо проверить, как руки дойдут.