kyja

cmake -G"Unix Makefiles"
make
make install

ИмяКлюча = "UF_1C_ITEM_KOD_" + 1;
ЗначениеСвойства = ОбработкаОтвета[ИмяКлюча];

1. Для новых элементов код появляется в свойстве Код после записи, но можно заранее вызвать УстановитьНовыйКод() - если нет контроля уникальности и параллельно точно так же не создаются другие элементы в этом справочнике, то конфликта номеров не будет.
2. Можно не использовать автонумерацию и устанавливать код согласно вашей логики.
3. Зачем что-то искать после записи, если у вас уже объект в памяти? Используйте СсылкаИскатьГруппы = НоваяГруппа.Ссылка

Используйте у метода НайтиПоНаименованию третий параметр - <Родитель>

Как минимум вынесите из цикла array_column($arr1, 'url')

$url1arr = array_column($arr1, 'url');

foreach ($arr2 as $arr2s) {
    $key = null;
    $key = array_search( $arr2s['url'] , $url1arr );  
    //Если не нашел будет действие
    if ( $key == false) {
    var_dump ($arr2s);
    }
}

а лучше так:

$url1arr = array_column($arr1, 'url', 'url');

foreach ($arr2 as $arr2s) {
    //Если не нашел будет действие
    if (!isset($url1arr[$arr2s['url']])) {
    	var_dump ($arr2s);
    }
}

PHP editor online

А если у вас есть две записи с одинаковыми ID, такие, что некоторые стринговые поля содержат в себе разную информацию, как планируете сохранять?
Пример:

$array1 = [
    "ID" => 42,
    "field" => "Earth",
];
$array2 = [
    "ID" => 42,
    "field" => "Mars",
];

Каким должен быть результирующий массив?

Если работа с инфоблоками, то можно в select указать свойства сразу, и тогда битрикс сам соединит таблицы
PROP, PROP.VALUE, PROP.ITEM.VALUE, PROP.ELEMENT (типы свойств посмотрите в справке, ссылку указал внизу)

\Bitrix\Iblock\Elements\ElementСatalogTable::getList([
    'select' => [
    'NAME',
    'ID',
    'PROP_TEXT_VALUE' => 'PROP_TEXT.VALUE',  //строка
    'PROP_CITY_VALUE' => 'PROP_CITY.ITEM.VALUE',  // список
    'PROP_COURSE_' => 'PROP_COURSE_ELEMENT.ELEMENT', // свойство с привязкой элемента
   ],
   'cache' => [
      'ttl' => 3600
   ],
])->fetchAll() // если хотим просто массив получить готовый

Если хотим работать с коллекцией, то

$elements = \Bitrix\Iblock\Elements\ElementСatalogTable::getList([
  'select' => [
     'NAME',
     'ID',
     'PROP_NAME.ITEM',  // список
     //'PROP_NAME',  // строка
  ],
  'cache' => [
    'ttl' => 3600
  ],
])->fetchCollection();

foreach ($elements as $element)
{
   echo $element->getPropName()->getValue();
   //echo $element->getPropName()->getElement()->getValue();    
}

Справка по инфоблокам orm (там спойлеры еще гляньте)
https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/index.php...

$select = [
        'ID', 'measure_value.MEASURE', 
    ];

Вопрос закрыт. Нашел у себя ошибку.
Кому интересно, делается так:

$iBlockId = 10;
$sectionId = 53;

$filter = [
    'IBLOCK_ID' => $iBlockId,
    'ACTIVE' => 'Y',
    'IBLOCK_SECTION_ID' => $sectionId
];

$select = [
    'ID', 'IBLOCK_ID', 'countElements'
];

$runtime = [
    'elements' => [
        'data_type' =>"Bitrix\Iblock\ElementTable",
        'reference' => [
            '=this.IBLOCK_ID' => 'ref.IBLOCK_ID',
            '=this.ID' => 'ref.IBLOCK_SECTION_ID',
            '=this.ACTIVE' => 'ref.ACTIVE',
        ],
        //'join_type' => "LEFT"
    ],
    'countElements' => [
        'data_type' => 'integer',
        'expression' => ['count(%s)', 'elements.ID']
    ]
];

$res = Bitrix\Iblock\SectionTable::getList(
    [
        'filter' => $filter,
        'select' => $select,
        'runtime' => $runtime
    ]
);

while($section = $res->fetch())
{
    \Bitrix\Main\Diag\Debug::dump($section, $section['ID']);
}

$result = array_sum(array_filter(
  array_count_values($all_items),
  fn($n) => in_array($n, $filters),
  ARRAY_FILTER_USE_KEY
));

или

$result = count(array_intersect($all_items, $filters));