Защитит ли Docker мою ОС от стрёмного софта?
Именно Docker нет.
Docker это средство управления виртуализацией.
А защитит вас виртуализация - с докером или без него.
Хотя как уже выше указывали есть куча других средств, в том числе и штатных.
1. Вот например нашёл прогу для восстановления файлов и вроде сайт солидный и компания не левая, а если провтыкал галочку снять (иногда их вообще нет), то поставилась куча трипера типа mail.ru и т.д. Потом всё это вывести не так-то просто, и в любом случае после 10 раз производительность падает до невозможности. И поехали закатывать флешку с вендой или восстанавливать dd-образ.
Идете в меню восстановления системы, и откатываетесь на день назад.
Точки восстановления желательно делать хотя бы раз в неделю, и перед установкой подозрительного софта.
2. Есть такой классный пакет SolidWorks, пользую временами, но вот настал час и надо его снести и выкинуть со всеми потрахами. Это сделать невозможно никаким uninstaler'ом. То же самое с LabView или любым другим серьёзным программным пакетом.
Запихайте его в виртуалку, вместе с другим софтом который требуется очень редко.